Принципиальные методологические основы программного комплекса:1) холистическое и интегрально-онтогенетическое понимание здоровья;2) детство как единственный ключевой период формирования пожизненных свойств здоровья; наличие огромных потенциальных возможностей управления здоровьем популяций через охрану и обеспечение оптимального развития детей; наибольшие возможности программирования здоровья, его охраны и формирования сконцентрированы в технологиях, относящихся к предконцепции, беременности и ранним периодам развития детей; 3) ориентация на оптимальность, т. е. на наиболее высокие достижимые уровни здоровья; безусловные приоритеты интеллектуальной и психической компонент здоровья, профилактики сердечно-сосудистых и опухолевых заболеваний, продление сроков жизни при сохранении ее качества;4) мультикомпонентность факторов формирования и причин утраты здоровья;5) комплексный подход к планированию стратегий формирования и охраны здоровья; обеспечение сотрудничества с семьей;6) непрерывность мониторинга развития и среды развития, совмещение мониторинга и скрининга;7) широкое использование стандартизации, информационных технологий и автоматизированных систем;8) принцип «раннего вмешательства» как основа эффективной коррекции состояния среды, развития, лечения и реабилитации.